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Un nouvel orthobunyavirus circule actuellement dans plusieurs élevages bovins européens Baptisé provisoirement « Virus Shamonda Européen » (ESV), il a été identifié chez des vaches laitières présentant des épisodes aigus de diarrhée, de fièvre et de fortes baisses de production. Les premières observations ont été faites dans l’Est de la France en juin 2026, avant que des cas similaires ne soient signalés en Allemagne, en Suisse et aux Pays-Bas. L’équipe ENVT Inrae est la première dans le monde à publier la détection de ce nouveau virus.
L’alerte est partie de plusieurs élevages du Doubs et de l’Ain, où des vétérinaires ont observé des épisodes groupés associant diarrhée aiguë, léthargie, fièvre transitoire et chute parfois spectaculaire de la production laitière. En juillet, des cas similaires ont été rapportés en Savoie et en Haute-Savoie. Les premières hypothèses évoquaient notamment un stress thermique, des désordres nutritionnels ou métaboliques, ainsi que des agents infectieux déjà connus. Les recherches ciblant le virus de Schmallenberg se sont toutefois révélées négatives.
Jusqu’à 75 % de baisse de lait
Une première enquête menée dans neuf élevages laitiers de l’Est de la France montre l’ampleur des manifestations cliniques. La production laitière a diminué de 15 à 75 %, avec des diarrhées, de la dépression ou de l’anorexie et, plus rarement, de la fièvre. Selon les élevages, 8 à 100 % des vaches étaient concernées par la diarrhée. Les épisodes duraient généralement entre un et six jours.
Face à l’absence d’agent causal identifié par les analyses classiques, les chercheurs ont eu recours au séquençage métagénomique. Des prélèvements de plasma et de matières fécales ont été réalisés sur des animaux en phase aiguë dans plusieurs élevages de Haute-Savoie. Des séquences appartenant au genre Orthobunyavirus ont été retrouvées dans les trois pools de plasma analysés.
L’analyse a ensuite été étendue à cinq autres troupeaux touchés, répartis en Bourgogne-Franche-Comté, dans le Grand Est et en Normandie. Dans les échantillons étudiés, le virus Shamonda du sérogroupe Simbu était le seul agent pathogène plausible détecté. Deux nouveaux génomes complets ont notamment pu être obtenus.
Des avortements sous surveillance
L’enquête apporte également un premier élément préoccupant concernant la reproduction. Des échantillons provenant de 18 troupeaux ayant enregistré des avortements ont été analysés. Dans ces élevages, les avortements étaient précédés, deux à quatre semaines auparavant, d’épisodes de fièvre et d’abattement chez les vaches. L’ARN du virus ESV a été détecté systématiquement dans les échantillons analysés. Lors des avortements, le virus a notamment été retrouvé dans le placenta ainsi que dans différents organes fœtaux. Des tissus cérébraux se sont révélés positifs chez six fœtus.
Ces résultats suggèrent une possible infection fœtale associée aux avortements, mais les chercheurs restent prudents. Aucune étude épidémiologique analytique n’a encore été réalisée et la causalité entre le virus et les troubles observés doit encore être démontrée. Des travaux complémentaires seront nécessaires pour préciser le tropisme du virus, sa durée de virémie et ses conséquences sur la reproduction.
Une transmission probablement vectorielle
Le virus Shamonda appartient au sérogroupe Simbu, qui comprend plusieurs virus transmis par des moucherons piqueurs du genre Culicoides. Certains de ces virus sont responsables de maladies chez les ruminants et peuvent affecter la reproduction. La période d’apparition des cas et leur répartition géographique sont compatibles avec une transmission par des vecteurs. Le rôle précis des Culicoides dans la circulation du nouvel ESV reste cependant à démontrer. Des investigations entomologiques doivent notamment permettre d’identifier les espèces susceptibles de transmettre le virus et de mieux déterminer son aire de circulation. La proximité clinique avec le syndrome observé lors de l’émergence du virus de Schmallenberg en Europe en 2011 constitue un autre point d’attention. Comme pour ce dernier, la surveillance devra porter non seulement sur les symptômes aigus chez les adultes, mais également sur les avortements, les mortinatalités et les éventuelles malformations congénitales.
Une surveillance renforcée nécessaire
Les chercheurs recommandent désormais de multiplier les investigations sur le terrain. Elles doivent notamment inclure le dépistage des cas aigus, la recherche rétrospective du virus dans des échantillons archivés, la réalisation de sérologies et la surveillance des populations de Culicoides. Pour les élevages, la vigilance doit également porter sur les baisses brutales et réversibles de production accompagnées de diarrhée, fièvre ou abattement, ainsi que sur les éventuels troubles de la reproduction dans les semaines suivantes.
À ce stade, le virus ESV apparaît donc comme un agent émergent dont l’importance sanitaire et économique reste à déterminer. Sa présence dans plusieurs régions françaises, associée à des détections concomitantes en Allemagne, en Suisse et aux Pays-Bas, laisse néanmoins penser qu’il ne s’agit pas d’un phénomène strictement local.
La priorité est désormais de déterminer depuis quand cette lignée circule en Europe, comment elle se transmet et quelles sont ses conséquences réelles sur la production laitière et la reproduction. Le recours au séquençage métagénomique montre, une nouvelle fois, son intérêt lorsque les analyses ciblées sur les agents pathogènes connus restent négatives face à l’apparition d’un nouveau syndrome.
